本事業に必要な資金（約10.5億円）は、国からの交付金と全国の市民の皆様からの出資（4.9億円）によって賄われる計画です。
市民の皆さんへ出資を呼びかけるのは、必要な資金を調達するためでもありますが、出資を通じて全国の市民の皆様の賛同と参加を得ることを事業の目標の一つとしているためです。
本事業では、幅広い市民の参加と賛同を伴った形で環境エネルギー事業を成立させることを目指しています。

2006年3月現在で、市民出資★1による国内の自然エネルギー事業は10カ所に上ります。2001年に北海道で初の市民出資による風力発電事業（市民風車）が実現したのを皮切りに、青森、秋田、茨城、千葉へと全国に拡大していっています。
また、2005年には長野県飯田市にて風力発電事業以外で国内初となる市民出資による太陽光発電と省エネルギー事業が始まっています。
2001年からこれまでで、通算3500名の市民によって合計約20億円が出資され、10基の風車と38基の太陽光発電所が稼動しています（なお、2006年3月現在で一部建設中を含みます）。
本事業への市民出資の募集も、これまで市民風車や太陽光発電事業等で市民出資の募集事業の実績のある関係団体（NPO法人環境エネルギー政策研究所、株式会社自然エネルギー・コム、株式会社自然エネルギー市民ファンド等）の協力のもとに計画・実施されています。

本ファンドの最大の特徴は、出資対象の環境エネルギー事業を明らかにした上で、それに賛同をいただける方が事業に直接出資をしていただける点です。
預貯金等では、資金運用は預け先の金融機関に委ねられているため、自分の意志を反映させることはできません。また、環境保全や社会貢献をうたう社会貢献SRIファンド等でも、運用先は一定基準を満たす企業の株式等に設定されているため、他の投資信託商品と同様、投資家自身が運用先の事業を選択できるものではありません。